优化大致可以分为以下方面，按照执行难易程度和对当前项目影响排序：
1. MySQL参数优化：可以通过show variables;命令和show status;命令组合来综合分析，可调整的项目根据使用的存储引擎和项目瓶颈具体情况千差万别，需要具体问题具体分析，如果想从这方面入手，建议把问题提得更具体一点；
2. SQL查询优化和索引优化：你可以打开慢日志记录，将需要消耗太多时间的查询记录下来，然后分析相应的SQL语句是否写的不合理，不合理就改了；再到数据库中查表结构，看是否索引设置不合理（一般where语句中的常用字段和排序字段应该加上合适的索引）；
3. 增加缓存层：可考虑在MySQL与应用层中间加一个缓存层，如APC、Memcached、Redis等等，将经常使用而更新较少的数据放到缓存层中，可以很好的减轻数据库压力；
4. 优化表结构：首先这个代价稍大，可能要重新灌数据之类的，代码修改可能也会比较多，看之前的封装性好不好了。主要是根据业务需要，看是否之前的表结构有不合理的地方，比如你使用了很多但是又无法排除的join查询；
5. 分库、分表、主从分离：分库是把数据库从1个逻辑库拆分到多个逻辑库，或从1个服务器拆分到多个服务器，分表是将一个表拆分为多个表，甚至是多个物理服务器的不同表；主从分离是将读、写完全分离到不同的数据库服务器；这个方案跟4一样，也是代价比较大，但是可持续性很好，项目到达一定的数量级，必须走这一步；
6. 自己定制MySQL：开源的，可以根据自己特殊业务需要定制，太高端了点点，总之有这种可能，没搞过..
