windows 平台所谓的根目录可能是指的系统目录，或者盘符目录。
UNIX以及Linux/GNU系统中根目录特指 Root directory及'/'
以上不深究，我们讨论你提出的问题。
分割线 PHP是一种解释性语言。解释性语言程序是不需要编译的，运行程序时才需由PHP解释器即时编译。这里不要有疑问，php解释器自然是包含在php包内（不细解释，有时间去翻翻资料）。我们在本地解释php语言是没任何用途的，用php自然是要他的特长做web开发。那我们就需要一款web服务器软件来驱动php解释器，好让浏览器与服务器之间形成HTTP协议通信。
PHP支持的web服务器软件很多：Apache、Nginx、Microsoft Internet Information Server（IIS）、Personal web Server（PWS）、Netscape 、iPlant server、Oreilly Website Pro Server、Caudium、Xitami、OmniHTTPd 等等等。这里我们选最熟悉的Apache来举例。
我们可以配置php在Apache作为CGI脚本或者是apache模块或者fastcgi模式来运行。默认的，比如在windows平台基本是作为apache模块来运行。竟然是Apache运行解释器，那自然我们用php语言来增删改文件都属于apache用户身份去执行。
比如apache 配置用户和用户组都是www/www.(网络上有金步国翻译的apache手册，有兴趣可以Google一下)。
windows平台（很多年不使用它了，如果解释有误请包含）
- FAT32分区模式下，windows上是无文件权限这个说法的。自然不管是php是放置在哪个盘。只要是系统能访问的盘符，php都能创建文件或者文件夹。
- NTFS分区，已经引入文件权限。这里就需要辨别apache用户在要操作的目录下有无权限，如果无则不能产生动作。
UNIX、linxu/GNU
- 优秀的文件系统权限设计。除了基本的 读 写 执行 权限还能定义隐藏属性和文件特殊权限等等。以及linux的使用者管理建立用户和用户组。如此我们就要遵循文件权限以及用户权限去应用php动作。具体的可以在google搜索详细了解。Linux 文件权限|linux 账号与用户组。
分割线 权限部分，我就不解释了。基本上你需求的深层次点的原理已经基本完整。
